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快速病毒檢測 | 特定引物和探針在助力RPA檢測成為SVV快檢有效工具

更新時間:2022-05-30      點擊次數(shù):1962


畜牧業(yè)是我國經(jīng)濟發(fā)展的重要組成部分,對于基層養(yǎng)豬戶來說,由于受多種外在因素的影響,養(yǎng)豬場會出現(xiàn)多種豬類相關(guān)疾病。對于豬場養(yǎng)殖戶來說,豬仔患病,如果診斷治療不及時,有可能帶來巨大的經(jīng)濟損失。常見豬類疫病如口蹄疫等多是由病毒引起,塞內(nèi)卡谷病毒(SVV)也是其中一種。

 

5.27 封圖.jpg


 

山東師范大學(xué)生命科學(xué)學(xué)院碩士研究生導(dǎo)師陳蕾教授課題組在《Analytical Biochemistry》新發(fā)表了題為Recombinase polymerase amplification assay for rapid detection of Seneca Valley Virus 的研究論文,探討研究了重組酶聚合酶擴增 (RPA)快速檢測SVV的方法。

 

 


摘要內(nèi)容

塞內(nèi)卡谷病毒(SVV)的快速準確檢測對于確定致病因素和啟動控制措施的實施至關(guān)重要。 開發(fā)可在樣品采集點使用的快速、簡單、方便和低成本的分子(核酸擴增)測試方法已被確定為控制塞內(nèi)卡谷病毒(SVV)的關(guān)鍵要素。作者研究團隊描述了針對 SVV 保守區(qū)域的重組酶聚合酶擴增 (RPA) 測試的開發(fā),以用于檢測 SVV。 研究人員設(shè)計的引物和探針在RPA檢測中表現(xiàn)出良好的敏感性和特異性,有助于RPA成為快速診斷SVV的有效工具。

 

背景介紹

2002年,美國研究人員偶然從PER.C6細胞(轉(zhuǎn)化的胎兒成視網(wǎng)膜細胞)培養(yǎng)基中首(shou)次發(fā)現(xiàn)并分離到一種新的病毒——塞內(nèi)卡谷病毒(Seneca Valley virus,SVV,又Seneca virus A,SVA)。塞內(nèi)卡谷病毒(Seneca Valley Virus,SVV)屬于小RNA病毒科塞內(nèi)卡谷病毒屬中的一員,臨床癥狀與其他水皰病臨床癥狀如口蹄疫類似,引起新生仔豬大量死亡和成年豬口部和蹄部出現(xiàn)水泡。 

2002年確定以來,SVV主要在美國和加拿大零星散發(fā),但自2014年年底后,SVV先后在多個國家大范圍流行。2015年傳入中國以后,SVV先后在福建、廣州、湖南、湖北、安徽、江蘇、浙江、河南、河北、遼寧、黑龍江等12個省份引發(fā)疫病。塞內(nèi)卡谷病毒(SVV)傳播特性與口蹄疫病毒類似,且與口蹄疫病毒存在混合感染,嚴重干擾了口蹄疫的防控。

目前多種分子技術(shù)手段已被用于檢測塞內(nèi)卡谷病毒(SVV),包括聚合酶鏈式反應(yīng) (PCR)、滾環(huán)擴增 (RCA) 和環(huán)介導(dǎo)等溫擴增 (LAMP) 等。 在現(xiàn)有的等溫擴增技術(shù)中,重組酶聚合酶擴增 (RPA) 可能是最(zui)適用于現(xiàn)場和即時診斷(point-of-need diagnosis)的方法

RPA利用低溫孵育(37–42℃)進行反應(yīng) ,只需最少的樣品制備,且擴增時間短(約20分鐘),靈敏度高(每個反應(yīng)1-10 copies)。本研究介紹了SVV保守區(qū)引物和探針的設(shè)計,并評估了其在RPA實驗中的表現(xiàn)。

 

 

實驗方法:

試驗中用到的塞內(nèi)卡谷病毒(SVV)cDNA、口蹄疫病毒 (FMDV) cDNA、豬呼吸與生殖綜合征病毒 (PRRSV) cDNA、豬瘟病毒 (CSFV) cDNA、豬流行性腹瀉病毒 (PEDV) cDNA、傳染性胃腸炎冠狀病毒 (TGEV) cDNA和陰性豬cDNA均由山東省疾病預(yù)防控制中心提供。本研究中使用的病毒樣本均在陰性豬cDNA 中稀釋到一定濃度。經(jīng)基因工程技術(shù)把靶標基因克隆裝載到特定載體中,得到重組質(zhì)粒 pET-32a SVV,重組質(zhì)粒濃度為300 ng/μL。類似實驗操作的得到其它病毒質(zhì)粒 (pET-32a-FDMV, pET-32a-PRRSV, pET- 32a-CSFV, pET-32a-PEDV, pET-32a-TGEV)。

之后設(shè)計并合成特定引物及探針,進行重組酶聚合酶擴增 (RPA) 測試,實驗反應(yīng)在等溫擴增熒光檢測儀(H1600,柏恒科技)上進行,在 42°C 溫度條件下開始擴增,反應(yīng)約20分鐘。產(chǎn)生高于陰性對照閾值的指數(shù)擴增曲線的樣品被認為是陽性的。后續(xù)研究團隊對RPA進行了特異性、敏感性及重復(fù)性的分析,結(jié)果均顯示良好。

5.27 截圖1.png

 

結(jié)論:

該研究描述了RPA法檢測SVV的特異性引物和探針,具有良好的靈敏度和特異性,快至8分鐘即可產(chǎn)生陽性結(jié)果,一般不超過20分鐘。 塞內(nèi)卡谷病毒(SVV)RPA檢測是在柏恒科技的等溫擴增熒光檢測儀H1600上進行的,儀器體積小,重量輕,方便攜帶。

實驗結(jié)果表明,特異性引物和探針有助于RPA技術(shù)成為SVV快速檢測的良好候選技術(shù)。它可以檢測患病動物,以便及時治療和控制感染傳播。

 

實驗中用到的等溫擴增熒光檢測儀H1600為柏恒科技生產(chǎn),儀器檢測快速,體積小,可用于便攜式操作,適用牧場、林場、動物疫病檢測等多場景。

5.27 H1600 圖1.png

 

此外柏恒還提供動物疫病檢測解決方案,我們提供包括離心機、金屬浴、PCR儀等全流程實驗儀器,更多內(nèi)容,歡迎咨詢聯(lián)系。

解決方案簡圖.jpg

 

參考文獻:

[1] A.J. Bracht, E. O’Hearn, A.W. Fabian, R.W. Barrette, S. Abu, K. Bernhard, Real-time reverse transcription PCR assay for detection of senecavirus A in swine vesicular diagnostic specimens, PLoS One 11 (1) (2016), e0146211.

[2] M.E. A, Y.W. B, O.N. C, O.P. C, F.T.H. A, M.W. A, Recombinase polymerase amplification assay for rapid detection of Rift Valley fever virus, J. Clin. Virol. 54 (4) (2012) 308–312.

[3] M. Euler, Y. Wang, P. Otto, H. Tomaso, M. Weidmann, Recombinase polymerase amplification assay for rapid detection of francisella tularensis, J. Clin. Microbiol. 50 (7) (2012) 2234–2238.

[4] J. Wang, Y. Zhang, R. Zhang, Q. Han, J. Wang, L. Liu, R. Li, W. Yuan, Recombinase Polymerase Amplification Assay for Rapid Detection of Porcine Circovirus 3, Molecular & Cellular Probes, 2017, S0890850817300890.

 

 


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